La posizione del paese ne fece con grandissima probabilità una roccaforte sannitica (Fulsulae) poi romanizzata, ma ancor prima tracce neolitiche di presenze umane in territorio montefuscano sono attestate dal ritrovamento di frecce. Grande sviluppo ebbe con l'arrivo dei Longobardi, che circondarono la capitale della Langobardia Minor, Benevento di castelli e villaggi fortificati, come Ceppaloni, Chianche e Torrioni. Tra questi vi fu probabilmente proprio Montefusco, anche se non citato da alcuna fonte scritta; la tipologia di muratura chiaramente longobarda dei ruderi delle mura non lasciano però dubbi, così come la posizione strategica dominante le Valli del Calore, del Sabato nonché vaste zone montuose e collinari che si aprono fino alla Puglia. Entrò prepotentemente nella Storia e nelle fonti con i Normanni, tant'è che lo storico Falcone Beneventano a pochi anni dalla caduta del Principato Longobardo di Benevento già ne parla nelle sue Cronache come di un centro importante militarmente e politicamente. Teatro di una lunga, logorante guerra tra Giordano d'Ariano e re Ruggero, in cui entrò anche Landolfo della Greca, fu contesa dai litiganti, potenti feudatari in un periodo di sostanziale anarchia per il Mezzogiorno. Anche sotto gli Svevi ebbe importanza tant'è che sia Federico II che Manfredi la tennero come castello personale e vi risiedettero per mesi. Pare che prima della fatale Battaglia di Benevento Manfredi abbia organizzato il proprio esercito proprio a Montefusco. Con Carlo I d'Angiò, nel 1287 al Feudalesimo si affiancherà una più efficiente organizzazione del nuovo Regno di Napoli in province controllate da emissari di nomina regia (a seconda del periodo, presidi o giustizieri). L'antico Principato Longobardo (che aveva perso la sua antica capitale Benevento passata già nel 1077 nel dominio papale, ma che aveva ancora Salerno come centro principale) fu smembrato in due: Salerno rimase a capo del territorio al di qua delle Serre di Montoro (da allora Principato Citra), Montefusco, invece, divenne capitale del neonato Principato Ultra, comprendente un territorio davvero vastissimo: le intere province di Benevento ed Avellino.
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